Ang isang electrophoresis system ay binubuo ng dalawang pangunahing bahagi: isang Power Supply at isang Electrophoresis Chamber. Ang power supply ay nagbibigay ng kapangyarihan. Ang "kapangyarihan," sa kasong ito, ay kuryente. Ang kuryente na nagmumula sa power supply ay dumadaloy, sa isang direksyon, mula sa isang dulo ng electrophoresis chamber patungo sa isa pa. Ang katod at anode ng silid ay kung ano ang umaakit sa magkasalungat na sisingilin na mga particle.
Sa loob ng electrophoresis chamber, ay isang tray--mas tiyak, isang casting tray. Ang casting tray ay binubuo ng mga sumusunod na bahagi: glass plate na napupunta sa ilalim ng casting tray. Ang gel ay gaganapin sa casting tray. Ang "suklay" ay kamukha ng pangalan nito. Ang suklay ay inilalagay sa mga puwang sa gilid ng casting tray. Ito ay inilalagay sa mga puwang BAGO ibuhos ang mainit, tinunaw na gel. Pagkatapos ng gel solidifies, ang suklay ay kinuha out. Ang "mga ngipin" ng suklay ay nag-iiwan ng maliliit na butas sa gel na tinatawag nating "mga balon." Ginagawa ang mga balon kapag ang mainit at natunaw na gel ay tumigas sa paligid ng mga ngipin ng suklay. Ang suklay ay hinugot pagkatapos lumamig ang gel, na nag-iiwan ng mga balon. Ang mga balon ay nagbibigay ng isang lugar upang ilagay ang mga particle na nais mong subukan. Ang isang tao ay dapat maging maingat na hindi makagambala sa gel kapag naglo-load ng mga particle. Ang pag-crack, o pagkasira ng gel ay malamang na makakaapekto sa iyong mga resulta.